25 Aralık 1960 tarihinde Kars’a bağlı Sarıkamış’ta doğdu. İlk ve ortaokulu burada tamamladı. Liseyi Kars İmam Hatip Lisesi’nde bitirdi. Daha sonra Atatürk Üniversitesi Kazım Karabekir Enstitüsü’ne girdi. Buradaki eğitimini yarıda bırakarak Gazi Üniversitesi Basın Yayın Yüksekokulu’nda eğitimine devam etti. 1985 yılında Gazetecilik ve Halkla İlişkiler Bölümü’nden mezun oldu. Bir süre özel bir şirkette Arapça çevirmenlik yaptı. 1989’dan 1993’e kadar Türkiye Diyanet Vakfı’nda editörlük yaptı. 1993 yılında Yüzüncü Yıl Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde araştırma görevlisi oldu. Daha sonra Osmangazi Üniversitesi İlahiyat Fakültesi’nde de araştırma görevlisi olarak akademik hayatına devam etti. Bu görevinden kendi isteğiyle ayrıldı. Yüksek Lisansını Hadis Bilim Dalı’nda tamamladı. Doktorasını 1996 yılında bitirdi. 2017 yılında doçent oldu. Türkiye Diyanet Vakfı İslam Ansiklopedisi’ne maddeler yazdı. Çeşitli dergi ve gazetelerde de yazılar yazan Ebubekir Sifil, halen Yalova Üniversitesi İslami İlimler Fakültesi’nde öğretim üyesi olarak görev yapmaktadır.
